C’est en 1942, que Jacobs est chargé de continuer, dans l’hebdomadaire « Bravo », Flash Gordon d’Alex Raymond. L’histoire parvient en noir et blanc. Jacobs colorie et couvre d’un pinceau pudique certains sujets féminins trop dévêtus des planches de Flash Gordon. À la suite de problème entre l’Amérique et l’Allemagne, il doit faire du faux Gordon (5 planches) pour terminer l’histoire en cours. On demande à Jacobs de créer alors une transposition du célèbre héros américain ; ce sera le Rayon U (édité, plus tard, aux éditions RTP en 1967).

Jacobs débute chez Hergé le 1er janvier 1944. Remarqué en 1943 pour ses dons de coloriste, il se voit confier le remaniement de sept albums de Tintin, dont Les 7 Boules de Cristal et Le Temple du soleil. Puis, c’est la création dans le journal Tintin belge, en 1946, de la célèbre série des aventures de Blake et Mortimer qui se continue, deux ans plus tard, dans le Tintin français. Ce premier tome, intitulé Le secret de l’Espadon, inaugure le début des aventures de ses héros culte Blake et Mortimer, chacun inspiré par des amis de sa connaissance.

En 1947, Jacobs arrête sa collaboration avec Hergé pour se consacrer exclusivement à sa propre série, dont il réalisera 10 tomes en l’espace de 27 ans.

Il rédige également une autobiographie, Un Opéra de papier, sous-titrée « Les mémoires de Blake et Mortimer », parue chez Gallimard en 1981.

S’il écrit le scénario du second tome des Trois Formules du Professeur Sato, celui-ci reste néanmoins graphiquement inachevé à sa mort en 1987. Ainsi, son ami, le dessinateur flamand Bob de Moor, se dévouera pour mettre en images le tant attendu scénario de conclusion, qui paraîtra en 1990.

Il décède le 20 février 1987, à Lasne en Belgique. Il avait 83 ans.